Elle est très particulière, du fait de l’originalité de cette espèce dans la classification végétale. La chimiotaxonomie, branche de la recherche qui sélectionne des familles de substances chimiques en fonction de l’appartenance botanique de leur plante-mère, n’a pas pu trouver ailleurs certaines des molécules que nous allons citer. Jusque dans sa composition, le ginkgo bio reste donc unique. Diterpènes (ginkgolides A, B, C, J et M), sesquiterpènes (bilobalide surtout), flavonoïdes (quercétol, kaempférol, lutéoline), biflavonoïdes (amentoflavone, bilobétine, ginkgétol, apigénine, etc), proanthocyanidols (prodelphinidols) et d’autres constituants (acides ginkgoliques, acides organiques, stérols, polysaccharides, etc).

L'ovule mesure entre 2 à 3 cm; ce n'est pas un fruit. Il germera dès que les conditions seront favorables.

L'odeur de vomissure que dégage l'ovule avant de tomber au sol est due à l'acide butanoïque (ou butyrique) qu'elle contient.