L'abbaye fut fondée vers 1108 par l'abbaye Saint-Maurice-d'Agaune, ou en 1043 selon certaines sources. À l'origine elle était établie dans les environs de la Chapelle d'Abondance.

En fait elle occupa deux endroits, puisque des éboulements obligèrent les religieux à changer d'emplacement^.

Enfin, au XII^e siècle, le prieuré se fixe à Abondance et devient abbaye vers 1138-1144^. La présence d'un cloître roman sous le cloître gothique a d'ailleurs été attestée lors de travaux de restauration au cours du XX^e siècle. C'est d'ailleurs vers 1140 que la communauté s'affilie à la congrégation des chanoines augustins. Quittant en 1158 la tutelle de la maison-mère, elle va alors prospérer jusqu'au XV^e siècle.

Sa puissance est d'ailleurs attestée par le nombre important de ses possessions au début du XV^e siècle avec plus d'une vingtaine de monastère et une dizaine de paroisses dont les abbayes de Sixt-Fer-à-Cheval, donné en 1140 par Aimon de Faucigny et d'Entremont en Faucigny, de Filly (en bas Chablais), de Moutier-Grandval et de Goaille attachées au diocèse de Besançon, ainsi que vingt-deux prieurés, dont ceux de Peillonnex (Faucigny), donné par Amédée 1er de Genève en 1156 à l'abbé Burchard, qui serait un parent du comte —, de Nyons (Vaud) — lors d'un échange en 1244 avec l'abbaye de Saint-Oyand de Joux ou encore Vions (Chautagne)^.

Cependant l'abbaye passe sous le régime de la commende  en 1433, marquant alors le début de sa décadence. La nef et le clocher de l'abbatiale sont endommagés par un incendie vers 1446, mais le cloître est épargné. Les travaux de restauration ne s'achèveront que vers 1481^, D'après de récentes études, c'est vers 1430 que les peintures murales ornant le cloître ont pu être réalisées.

^{L'abbaye devient cistercienne en 1606}

La situation de l'abbaye continue de se dégrader jusqu'en 1606. Lors de la visite de François de Sale, évêque de Genève, qui a ramené le Chablais. au catholicisme, les chanoines augustins ne suivent plus aucune règle. C'est pour cela qu'il décide de demander au pape de les faire remplacer par des cisterciens feuillants^. Le but de François de Sales et de redonner à l'abbaye d'Abondance son prestige d'antan, grâce au spirituel et au religieux.

Cependant le renouveau ne sera que de courte durée. Rapidement, le déclin reprend le pas. Dès la fin du XVII^e siècle, les feuillants sont en conflit avec les habitants de la vallée et avec les autorités religieuses, principalement l'évêque de Genève. Enfin, au XVIII^e siècle, ils sont la cause de

très nombreux scandales: on ne compte plus leurs petites amies ni leurs enfants, certains témoignages rapportent même qu'ils se battent entre eux, portent des pistolets et fréquentent les cabarets.

À la suite de ces très nombreux excès et d'une situation religieuse particulièrement

désastreuse, l'évêque de Genève demande à Charles-Emmanuel III de Sardaigne de demander au pape la suppression de l'abbaye: elle est définitivement fermée en 1761 par un bref de Clément XIII.

En 1795, les bâtiments sont vendus comme biens nationaux. Ils tombent à l'abandon, et le cloître sert de dépotoir aux habitants de la ville.

La famille Sallavuard rachète les bâtiments en 1836. En 1862, les peintures sont redécouvertes et l'ensemble de l'abbaye est classée au titre des monuments historiques treize ans plus tard, par la liste de 18757. Les peintures seront restaurées à plusieurs reprises, la dernière campagne en date étant dans les années 1977-1990

Actuellement, les bâtiments sont occupés par les services municipaux d'Abondance.

Lien :  régime de la commende

Lien : Sixt-Fer-à-Cheval

Lien : feuillants